Мутантные раковые белки теперь можно определить

Исследователи из МФТИ, Института биомедицинской химии, Института энергетических проблем химической физики РАН и Центра физико-химической медицины представили алгоритм для обнаружения в клетках мутантных белков, сообщает пресс-служба МТФИ. Результаты исследования опубликованы в журнале Proteomics.

Точечные замены аминокислот в белках из-за мутации ДНК могут приводить к изменению функций белков в клетках. Некоторые из таких изменений приводят к развитию рака. Изучение мутантных белков поможет найти слабые места опухолевых клеток и разработать в последующем более эффективные лекарства.

Основной метод поиска мутантных белков – масс-спектрометрический анализ. С помощью него ученые определяют точную массу молекул и их химический состав. Для анализа и поиска мутантных белков программа сравнивает полученные результаты масс-спектрометрии с базой данных белков всего организма.

Однако этот подход не вполне подходит для поиска белков, аминокислотная последовательность которых отличается от того, что прописано в “эталонном” геноме. Поэтому ученые разработали такой алгоритм, который для анализа использует не только базы данных белков, но и базы данных генома определенных исследуемых клеток. Ученые добавили в “словарь” белков последовательности, которые отличаются от исходных на одну или несколько аминокислот, что позволило обнаруживать “неправильные” белки.

Для проверки работы своей системы исследователи использовали геномную базу данных клеточной линии HEK-293, полученной из человеческого эмбриона. Это модельная культура клеток человека, которую часто используют в исследованиях, кроме того, линия HEK-293 несет множество мутаций и служит отличной моделью для отработки нового подхода к исследованию рака.

По данным анализа ученые определили, какие белки или их фрагменты содержатся в клетках. Используя новый подход, ученые обнаружили в клетках HEK-293 113 уникальных последовательностей белков. Для некоторых из обнаруженных мутаций ранее была показана связь с различными типами рака. Ученые надеются, что новый подход поможет в изучении белкового состава опухолей и разработке препаратов, нацеленных на мутантные белки опухолевых клеток.